Ist man Administrator unter Vista und UAC ist aktiviert, dann existieren technisch zwei Sicherheits -Tokens. Ein Token mit den vollen Administrativen Rechten und ein reduziertes gefiltertes Token, ohne Admin-Rechte.

Wenn man sich anmeldet und Netzwerklaufwerke zugeordnet werden, dann erfolgen diese Laufwerksmappings in dem Token mit den reduzierten Rechten.

Startet man nun eine Session mit angehobenen, vollen administrativen Rechten, dann sind die vorher zugeordneten Netzwerklaufwerke in dieser Session nicht sichtbar.
Ein etwas ungewöhnliches aber durchaus logisches Verhalten.
Das Logon Skript läuft eben nicht in dem selben Sicherheitskontext, wie Prozesse, die man mit vollen angehobenen Rechten startet. Defakto sind es wirklich zwei verschiedene Logon’s mit zwei verschiedenen Logon-ID’s.

Mit einem einfachen setzen eines Registry Keys kann man jedoch erreichen, dass auch die angehobenen Admin-Sessions die gleichen Laufwerkmappings erhalten:

1
2

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System
EnableLinkedConnections = 1 (DWord)

Aber leider ist dieser Schalter nicht als Standard gesetzt.
Ärgerlich wird dies, wenn man ein kleines Setup-Programm schreiben will, dass einige Daten aus dem Nezwerk kopieren soll und dem man ein entsprechendes requireAdministrator-Manifest gibt. Startet man dieses Programm findet es auf einmal nicht mehr die Laufwerke, die eben noch verfügbar waren. Umgehen kann man das ganze nur in dem man UNC-Dateinamen verwendet.

Beschrieben wird dies auch hier auch in diesem KB Artikel.