Für manche Standardklassen bzw. Header oder Libraries ist es manchmal schön zu wissen ob die ATL oder die MFC in einem Projekt verwendet werden.  In der Vergangenheit habe ich dies oft benutzt um bestimmte Member in Klassen einzubauen, die dann zum Beispiel Daten auch als CString aktzeptieren, oder diese Member dann eben nicht einzubauen um eine Nutzung in einem „puren“ WinAPI Projekt zu ermöglichen.
Seit die CString Klassen allerdings eigenständige Templates wurden ist dieser Grund für mich eigentlich weggefallen.
Ich benutzte es heute nur noch um evtl. Memberfunktionen zu unterscheiden die evtl. CWnd* zusätzlich zu HWND Parametern akzeptieren.

Aber wer weiß, vielleicht hat der eine oder andere doch die Frage wie er erkennen kann ob die ATL oder die MFC in einem Projekt Verwendung finden.

Vordefinierte Preprozessor Variablen gibt es dafür nicht, allerdings kann man erkennen ob die Standard ATL/MFCHeader in einem Projekt bereits als Include eingefügt wurden, denn in diesem Fall kann man die Existenz der Include-Guards prüfen.

Die MFC benutzt __AFX_H__ als Guard für die afx.h.
Die Basisklassen der ATL befinden sich in der atlbase.hund entsprechend lautet der Guard: __ATLBASE_H__.

Sofern also diese Guards definiert sind wurden auch die entsprechenden Libraries in der stdafx.h oder anderen Headern zuvor included.

Nachtrag 12.07.2011:
Stefan
hat natürlich vollkommen recht mit seinem Kommentar, dass es die zwei Präprozessor-Variablen _MFC_VER und _ATL_VER gibt, die natürlich für den hier erwähnten Einsatz weitaus besser geeigent sind.
Siehe: http://msdn.microsoft.com/de-de/library/b0084kay.aspx
Ich habe hier den Wald vor lauter Bäumen nicht gesehen 😉
Herzlichen Dank für diese produktive Ergänzung.